细菌性脑室炎的治疗与脑膜炎相似，应尽早查清致病菌及药物敏感试验，以便选用能透过血脑屏障的强效抗生素及药物，尽快投给。同时，应立即将先前置入脑室的引流管或分流管拔除，因为附着在管壁上的细菌具有更大的耐药性。
如果脑室系统没有梗阻，选用的抗菌药物有效，感染常能得以控制，随之脑脊液细胞数即减少，病情亦迅速改善。设若是脑室系统存在阻塞，或敏试有效的药物透过血脑屏障较差时，则应在全身用药的同时，反复行脑室穿刺引流，并经脑室内给药。
此时由于梗阻已变为脑室积脓（Pyocephalus），则需用置管引流或行双管冲洗引流，以4～8万u庆大霉素溶在500ml生理盐水中，由一管缓慢持续滴入，经另一管等量引流至封闭的瓶或袋中，每分钟30～40滴保持出入平衡，直到引流液转清，症状好转，细菌培养阴性及白细胞数正常之后，始可拔管。
位于脑深部接近脑室的脓肿，因靠室管膜一侧的脓壁纤维化进程较慢，往往菲薄，故有突然破入脑室引起急性化脓性脑室炎的危险。遇此情况，唯有紧急开颅切除脓肿，用抗菌盐水彻底冲洗脑室，并置管行脑室外持续引流，同时，全身加强抗菌治疗，始有一线救治希望。
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