| 院系所代码 | 院系所名称 | 所在地 | 备注 |
| 001 | 基础医学院（一） | 校本部 | |
| 002 | 基础医学院（二） | 校本部 | 基础医学（理学）专业 |
| 003 | 生命科学学院 | 校本部 | 含上海交通大学Bio-X研究院 |
| 004 | 公共卫生学院 | 校本部 | 含生物医学研究所 |
| 005 | 卫生管理学院 | 校本部 | |
| 006 | 口腔医学院（附属口腔医院） | 校本部 | |
| 007 | 临床药理研究所 | 校本部 | |
| 008 | 药学院 | 校本部 | |
| 009 | 人文社会科学学院 | 校本部 | |
| 010 | 医学心理学系 | 校本部 | 含合肥四院、杭州七院、深圳康宁医院 |
| 011 | 护理学院 | 校本部 | |
| 012 | 第一临床学院（第一附属医院） | 合肥市 | |
| 013 | 第二临床学院（第二附属医院） | 合肥市 | |
| 014 | 第四附属医院 | 合肥市 | |
| 015 | 巢湖临床学院（附属巢湖医院） | 合肥市巢湖市 | |
| 016 | 省立临床学院（附属省立医院） | 合肥市 | 非直属培养单位 |
| 017 | 第三附属医院（合肥市第一人民医院） | 合肥市 | 非直属培养单位 |
| 018 | 附属合肥医院（合肥市第二人民医院） | 合肥市 | 非直属培养单位 |
| 019 | 解放军临床学院（解放军105医院） | 合肥市 | 非直属培养单位 |
| 020 | 儿科临床学院（省立儿童医院） | 合肥市 | 非直属培养单位 |
| 021 | 合肥口腔临床学院（合肥市口腔医院） | 合肥市 | 非直属培养单位 |
| 022 | 妇幼保健临床学院（省妇幼保健院） | 合肥市 | 非直属培养单位 |
| 023 | 附属安庆医院（安庆市立医院） | 安庆市 | 非直属培养单位 |
| 024 | 附属六安医院（六安市人民医院） | 六安市 | 非直属培养单位 |
| 025 | 滁州临床学院（滁州市第一人民医院） | 滁州市 | 非直属培养单位 |
| 026 | 阜阳临床学院（阜阳市人民医院） | 阜阳市 | 非直属培养单位 |
| 027 | 阜阳传染病临床学院（阜阳市第二人民医院） | 阜阳市 | 非直属培养单位 |
| 028 | 宿州临床学院（宿州市立医院） | 宿州市 | 非直属培养单位 |
| 029 | 池州临床学院（池州市人民医院） | 池州市 | 非直属培养单位 |
| 030 | 铜陵临床学院（铜陵市立医院） | 铜陵市 | 非直属培养单位 |
| 031 | 杭州临床学院（杭州市第三人民医院） | 杭州市 | 非直属培养单位 |
| 032 | 解放军杭州临床学院（南京军区杭州疗养院） | 杭州市 | 非直属培养单位 |
| 033 | 解放军九八临床学院（解放军九八医院） | 湖州市 | 非直属培养单位 |
| 034 | 军事医学科学院放射与辐射医学研究所 | 北京市 | 非直属培养单位 |
| （安徽医科大学战略合作伙伴单位） | |||
| 035 | 军事医学科学院基础医学研究所 | 北京市 | 非直属培养单位 |
| （安徽医科大学战略合作伙伴单位） | |||
| 036 | 军事医学科学院微生物流行病研究所 | 北京市 | 非直属培养单位 |
| （安徽医科大学战略合作伙伴单位） | |||
| 037 | 解放军306临床学院（解放军306医院） | 北京市 | 非直属培养单位 |
| 038 | 解放军307临床学院（解放军307医院） | 北京市 | 非直属培养单位 |
| 039 | 空军临床学院（解放军空军总医院） | 北京市 | 非直属培养单位 |
| 040 | 海军临床学院（解放军海军总医院） | 北京市 | 非直属培养单位 |
| 041 | 北京军区总医院临床学院（北京军区总医院） | 北京市 | 非直属培养单位 |
| 042 | 武警总医院临床学院（武警总医院） | 北京市 | 非直属培养单位 |
| 043 | 上海皮肤病临床学院（上海市皮肤病医院） | 上海市 | 非直属培养单位 |
| 044 | 上海普陀临床学院（上海市普陀区人民医院） | 上海市 | 非直属培养单位 |
| 045 | 解放军八一临床学院（解放军八一医院） | 南京市 | 非直属培养单位 |
| 046 | 无锡临床学院（解放军101医院） | 无锡市 | 非直属培养单位 |
| 047 | 新疆临床学院（新疆自治区人民医院） | 乌鲁木齐市 | 非直属培养单位 |
| 048 | 解放军174临床学院（解放军174医院） | 厦门市 | 非直属培养单位 |
| 049 | 北大深圳医院临床学院（北京大学深圳医院） | 深圳市 | 非直属培养单位 |
| （安徽医科大学战略合作伙伴单位） | |||
| 050 | 深圳二院临床学院（深圳市第二人民医院） | 深圳市 | 非直属培养单位 |
| 051 | 上海临床学院（上海市第十人民医院） | 上海市 | 非直属培养单位 |
| 052 | 海南皮肤病临床学院（海南省皮肤病医院） | 海口市 | 非直属培养单位 |
| 053 | 广东皮肤病临床学院（广东省皮肤病医院） | 广州市 | 非直属培养单位 |
| 054 | 济宁临床学院（济宁市第一人民医院） | 济宁市 | 非直属培养单位 |
| 055 | 解放军359临床学院（解放军359医院） | 镇江市 | 非直属培养单位 |
| 056 | 马鞍山临床学院（马鞍山市人民医院） | 马鞍山市 | 非直属培养单位 |
| 057 | 解放军113临床学院（解放军113医院） | 宁波市 | 非直属培养单位 |
| 058 | 第一临床学院（第一附属医院）（二） | 合肥市 | 转化医学研究生招生改革试点项目 |
| 059 | 第二临床学院（第二附属医院）（二） | 合肥市 | 转化医学研究生招生改革试点项目 |
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