药学院原名药学系，于2003年7月成立，2010年1月正式更名，是学校最早成立的二级院系之一。成立以来，药学院立足“服务地方经济发展”的办学理念，依托亳州中药资源和中医药文化优势，办学规模迅速扩大，办学特色日趋鲜明。十年来，共培养从事药品生产、药品调剂、药品质量检测、药品营销等方面工作的高素质、高技能、应用型人才6000多人，为学校特色院校建设和服务区域经济发展做出了显著的贡献。
药学院现有在校生3000余人。开设中药、药学、中药制药技术、药物制剂技术、药品经营与管理、药品质量检测技术、中药鉴定与质量检测技术、食品分析与检验、护理等9个专业，其中中药为中央财政支持专业，中药、药学、中药制药技术为省级特色专业。
药学院现有专任教师71人，兼职教师38人，其中教授及正高职称3人，副教授及副高职称10人，讲师及中级职称35人，硕士研究生以上学历37人，省级专业带头人1人，省级教坛新秀2人；设有中药、制药技术、药学综合、药学经济、护理5个教研室。教师队伍学历职称结构合理、业务素质较高、教学经验丰富、科研能力较强，承担省部级以上教研科研课题20多项，主编或参编国家规划教材10余部，每年公开发表教研论文30余篇，承担中央财政支持建设项目2项。
药学院现已建成并投入使用的校内实验实训基地有30多个。其中省级示范实验实训中心2个：中药炮制实训中心和中药制剂实训中心，装备有制备中药饮片炮制、中药提取及中成药片剂、胶囊剂、丸剂、颗粒剂、滴丸剂、口服液等剂型的大型制药机械60余台；药物制剂检测实训中心1个，拥有高效液相色谱仪、气相色谱仪、红外光谱仪等精密仪器；中药标本中心1个，现收藏数千种动植物标本，标本馆正在规划建设中；药用植物园1个，占地面积10余亩，种植药用植物600余品种；中药材栽培试验田8块，共15亩，已投入实训教学。
药学院始终秉承“弘德、笃学、强能、拓新”的校训，坚持“地方性、技能型、开放式、职业化”的人才培养理念，建立并逐步完善了“院校—市级—省级—国家级”药学专业人才技能提升机制。仅2012年，获省级以上技能大赛奖励5项，其中获国家级中药传统技能竞赛个人二等奖1项，集体三等奖1项。
药学院依托亳州中华药都优势，主动参与并积极推进《安徽省（亳州）现代中药产业发展规划（2009-2020）》的实施，坚持走“工学结合、校企合作”之路，现拥有功能多样、管理良好、合作共赢的校外实习实训基地30余家。已与安徽华佗国药厂、安徽济人药业、安徽省药物研究所、上海益丰医药公司、江苏昆山瑞丰百佳惠医药公司、扬子江药业集团等药业企业建立良好校企合作关系，建有“扬子江药业班”、“济人班”、“华佗班”、“瑞丰班”、“益丰班”等订单班。多年来，毕业生就业率一直保持在99%以上，学生、家长、企业、社会满意度较高。
药学院全体教职员工将进一步解放思想，更新观念，争先进位，开拓进取，努力为培养合格的高素质、高技能药学人才做出新的更大的贡献。
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