生物工程是指利用生物体系、应用生物学、化学和工程学技术相结合的方法，按照人类的需要改造和设计生物的结构与功能，以便更经济、更有效、大规模地为人类提供所需各种产品或达到某种目的的新型学科，是生命科学从实验室研究通向工业生产的桥梁。
本专业的目标是培养具有生命科学的基本知识，掌握生物技术及其产业化的科学原理，工艺技术过程和工程设计等基础理论、基本技能，能在生物技术与工程领域从事设计、生产、管理和新技术研究、新产品开发的工程技术人才。
我校生物工程专业的前身是1954年创建的“抗菌素制造专业”，1998年更名为“生物工程”，2008年批准为生物工程国家特色专业，为中国抗生素工业的建立和壮大做出了重要的贡献，随着专业的发展，目前在基因工程药物开发、动植物细胞培养、海洋生物技术、发酵工程、生物制品提取纯化、生物医药工程设计等诸多领域，在国内外有重要影响。2001年被列入上海市重点学科，2002年被批准为国家重点学科，2007年被批准为发酵工程上海市重点学科。2010年获得教育部首批生物工程专业卓越工程师计划试点项目（专业综合改革试点）。2012年获批生物工程国家工程实践教育中心。
本专业拥有生物反应器工程国家重点实验室和国家生化工程技术中心（上海）。依托学科生物化工、发酵工程两个博士点，发酵工程、生物化工、微生物与化学制药四个硕士点，科研与教学梯队充满活力，目前拥有国内外顶尖的学科带头人和一大批中青年学术带头人及学术骨干，承担着多项国家973、863、国家科技攻关、国家自然科学基金，以及部委、地方及企业的重大科研项目，并取得了国家科技进步奖、上海市科技进步奖等多项成果。
专业教学经过长期实践与提炼形成的“坚持生物学、工程学两个基础，顺应生物工程宽口径的发展与需求，注重实验、工程技能训练的专业培养方案，以及依托学科背景、坚持产学研互动的教学模式”切合高素质生物工程专业人才培养的目标，凸显了我校人才培养的特色与优势。
本专业的特色课程有：生物学、生物化学及实验、微生物学及实验、化工原理及实验、化工制图、基因工程、生物反应工程原理、代谢工程、发酵工程及实验、生物分离工程及实验、生化工程设备等。
经过半个多世纪的发展，专业培养和造就了一大批包含院士、知名企业家等，活跃在国内外的生物工程教学、研究、生产领域的专门人才，为我国生物工程产业的发展和壮大做出了贡献，树立了我校生物工程专业在国内外的良好声誉。生物工程专业与美国、英国、德国、澳洲的十多所国际知名高校建立了本科生国际交流机制，每年选拔约20余名优秀本科生以国家公派或自费的形式到国际知名高校参与国际交流项目或攻读研究生。同时，邀请若干名国际知名教授来校为本科生上英语专业课。
本专业本科毕业生毕业后的去向：
1.国内外攻读研究生。
2.生物工程技术研发单位。
3.生物医药生产企业与贸易公司。
本专业学制4年，学生达到教学要求后，可获得本科毕业证书和工学学士学位证书。
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