安徽农业大学理学院是2004年7月在原基础科学学院的基础上更名成立的学院，下设应用数学系、应用化学系、应用物理系、统计系、空间信息科学系、化学实验教学分中心、物理实验教学分中心、综合实验教学分中心、应用数学研究所。学院现有教职工105人，其中教授11人，副教授22人，特聘讲席教授1人，博士（含在读）31人，硕士生导师19人，省级教学名师2人，校级教学名师6人，校教坛新秀3人。
学院设有4个本科专业：“信息与计算科学专业”、“应用化学专业”、“统计学专业”和“测绘工程专业”，同时并承担着全校数理化基础课和测量学、生物统计学等专业基础课的教学任务。
学院以质量提升为抓手，深化教学改革。近年来，主持国家级教研项目6项，省级“质量工程项目”20多项，主编国家级和省（部）级等各类规划教材20多部，“十一五”末荣获“全国高等农业院校优秀教材奖”二部，完成了《大学数学》、《大学化学》省级精品课程建设，完成了首批省级基础课实验教学示范中心（基础化学实验）的建设，多媒体课件评比获国家级二等奖1项、三等奖1项、省级奖3项；获校级教学成果奖多项及教案评比、试卷评比等各类奖励十多项。组织领导学生参加各类竞赛，获大学生数学建模竞赛、数学竞赛、单片机应用竞赛、物理实验技能大赛、GIS大赛等多种赛事各级别奖项数次；获校教学竞赛一等奖3项、二等奖4项、三等奖5项。
“十二五”以来，学院注重拓宽科研领域与渠道，加强了对外联系；先后与国家农业信息化工程技术研究中心、安徽省国土资源厅、安徽省地质调查院、中国科技大学、合肥工业大学、安徽大学、中科院合肥物质科学研究院、合肥田园土地规划公司等单位建立了科研合作。自2011年以来，理学院科研到帐经费总量257万；获国家自然基金立项4项，国家社科基金立项2项，教育部人文社科基金立项1项，安徽省国土资源厅专项3项，安徽省教育厅自然科学重点项目6项，安徽省科技厅重点科研项目1项，安徽省自然科学基金立项1项，安徽省教育厅优秀青年基金2项，安徽省博士后基金2项。全院教职工以第一作者或通讯作者发表论文160余篇，其中SCI论文近20篇(一区2篇)、EI论文20多篇、二类以上论文80多篇。获发明专利2项、获实用新型专利3项、软件著作权7项、获安徽省自然科学论文3等奖5项。
理学院现有在校本科学生约900余人，学院坚持“育人为本、德育为先、注重实效、争创特色”的工作原则，积极开展丰富多彩的校园文化活动。在高校就业竞争日益激烈的情况下，学生考研成功率稳中有升，就业率一直位居全校前列。
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