中西医结合临床学院前身是安徽中医学院基础部，1993年10月成立中西医结合系。2004年11月，为适应学校建设和学科发展的需要，中西医结合系更名为“中西医结合临床学院”。我院现有人体解剖学、组胚与生物学、生理学、病理学、药理学、生物化学与分子生物学、微生物与免疫学、寄生虫学、全科医学基础等9个学科教研室和1个实验教学中心——基础医学实验教学中心，1个临床检验中心。拥有中西医结合基础硕士学位授权点，中西医临床医学和中西医临床医学（全科医学方向）2个本科专业。2002年学校成立安徽中医学院中西医结合研究所，下设4个研究室，为安徽省中医药科学院的重要组成部分。现有教职工86人，其中，高级职称35人；博士学位18人，硕士学位以上45人；安徽省优秀中青年骨干教师2人，省级教学名师1人，校教学名师2人，校优秀中青年骨干教师2人，校教学精英2人，校教坛新秀3人。近5年承担国家自然科学基金、安徽省自然科学基金等厅级科研课题68项，教学研究课题10项。主编副主编全国规划教材8部，参编教材42部，获安徽省教学成果三等奖3项。
中西医结合临床学院坚持以科学发展观为统领，走可持续发展之路。秉承“学贯中西，大医精诚”的理念，以学科建设为主线，以教学为中心，以教师为主体，以生为本，注重质量工程建设，不断加强制度建设、队伍建设和内涵建设。我院的人体解剖学、生理学、药理学3门课程为省级精品课程，机能实验教学中心为安徽省首批高校基础课实验教学示范中心；2008年中西医结合基础学科被确定为省级重点学科，中西医临床医学专业被批准为安徽省省级特色专业；2009年中西医结合学科作为安徽中医学院博士学位授权建设学科的支撑学科立项建设；2010年中西医临床医学专业被批准为教育部特色专业，中西医结合学科获一级学科硕士学位授权。多年来，学院为社会培养了一大批中西医结合应用型人才，对社会进步和提高人类健康水平等作出了积极贡献。
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