巢湖学院数学系前身是巢湖师范专科学校数学系，始建于1978年，是学校设立最早的系部之一。现有数学与应用数学、信息与计算科学、统计学、金融工程四个本科专业。设有数学与应用数学、信息与计算科学、统计学、高等数学、金融工程五个教研室。
数学系现有学生一千余人，教职工40人，其中专职教师36人、管理人员4人。专职教师中教授4人（1人被聘为安徽师范大学硕士生导师）、副教授9人；博士5人（含在读1人）、硕士26人。另有外聘教师6人。
数学系现有数学实验与数学建模实验室1个。图书资料4000余册，学术期刊20多种。2004年以来，一批教师在Hopf代数、环的同调与代数表示论、计算数学、概率统计、排队论等领域具有稳定的研究方向和一定的科研水平。近年来教师先后发表论著（含合著）6部，在国内外学术期刊上共发表论文近300篇。其中有多篇论文被SCI、EI检索。数学系学生连续三年在全国大学生数学建模竞赛、全国大学生数学竞赛中获得优异成绩。各专业近三届毕业生平均就业率超过92%。
经过30多年的建设，目前专业设置与师资队伍结构渐趋合理，教学设备较为齐全，教科研水平进步明显。30多年来，数学系为社会培养输送了4000多名毕业生。其中大部分已成为区域内中学数学教师队伍的骨干力量，部分毕业生通过继续深造已成为经济、管理、科研等领域的专门人才。
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