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软件工程学院是金陵科技学院的工科二级学院，学院设有软件基础系、软件应用系、软件服务工程系和江苏省软件工程实践教育教学中心。软件工程专业于2011年开始招生，同年被南京市商务局授予南京市服务外包人才培训基地；2012年被江苏省教育厅立项为省级卓越工程师培养计划，被省商务厅、省教育厅联合授予江苏省服务外包人才培养试点高校。

软件工程专业采取产学研结合的理论实践一体化人才培养模式开展应用型软件人才培养，先后与澳大利亚昆士兰理工大学（QUT）、印度国家信息技术学院（NIIT）、中软、东软和中科院软件所开展合作项目，形成了行业化应用、平台软件应用和基础软件开发三类人才培养方案。其中，与中科院软件所的合作项目面向国产操作系统产业化发展需要，着力培养在操作系统软件开发方面具有创新设计与开发能力的应用型本科软件人才；与QUT采用3+1模式进行合作办学，培养服务于企业信息化的国际化的软件工程人才；与NIIT合作培养服务于离岸外包产业所需的国际化平台软件应用开发化人才；与中软、东软和青软等国内大型软件服务外包企业联合培养服务于在岸外包产业所需的行业化应用软件开发人才。此外，学院还在与微软等国内外知名软件企业开展人才培养项目的洽谈，并开拓与谷歌、IBM、SAP等公司在工具、平台类方面的教学合作，注重培养学生灵活运用平台工具等方面的工程实践能力；将面向产业需求、与企业共同建设校内联合实验室，使学生在校内即可进行项目研发，从而提高其工程项目的实战能力。

学院建有软件工程一级学科，为南京市重点建设学科，在软件工程理论、领域软件工程、软件测试与验证、软件服务工程等方面均有相关建树。学科现拥有江苏省信息分析工程实验室、江苏省智慧企业管理软件工程中心、南京市企业管理软件行业化工程技术研究中心和校级智能交通工程技术中心等四个科研平台，在企业信息化应用、交通信息化应用、信息处理与集成、外包软件服务的理论、方法与技术应用等研究方向上形成了骨干团队。

学院将针对市场需求创新软件人才培养模式，探索开展移动互联软件技术、数据库技术、前端与后端开发技术、大型主机技术等项专业技术人才的培养；并以行业引导带动学科交叉和人文科技融合，探索开展金融软件工程、电子商务技术等领域复合型软件人才的培养。

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